Identifikasi Variasi dan Ekspresi Gen yang Berhubungan Dengan Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) Menggunakan Pendekatan Bioinformatika

Abstract

Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) merupakan penyakit neurodegeneratif yang menyerang sistem saraf pusat dan menyebabkan gangguan pada fungsi motorik. Kondisi tersebut bersifat progresif dan fatal, ditandai dengan adanya degenerasi neuron motoric yang mengakibatkan kelemahan otot hingga kelumpuhan total. Dengan mengidentifikasi variasi genetic terkait dengan penyakit tersebut untuk menentukan kerentanan dengan menggunakan database. Metode yang digunakan dalam penelitian yaitu menggunakan pendekatan bioinformatika dengan memanfaatkan database katalog GWAS, HaploReg V4.2, GTEx portal dan ensembl genome. Hasil penelitian ini diperoleh 354 SNP pada katalog GWAS dan yang memenuhi kriteria p-value 1x10-8 diperoleh 51 SNP hanya 4 SNP yang tervalidasi kriteria missense diantaranya rs80265967, rs75087725, rs113247976, dan  rs8141797,dengan gencode SOD1, KIF5A, C21ORF, dan SUSD2. Lalu Analisis eQTLs menggunakan database GTEx mengungkapkan bahwa variasi genetik tertentu, seperti alel minor pada SOD1, KIF5A, dan SUSD2 yang memiliki hubungan dengan ekspresi gen yang berbeda di berbagai jaringan terkait ALS termasuk otak, otot rangka, esofagus, dan paru-paru. Frekuensi alel terkait yang lebih tinggi yaitu pada (A) rs80265967, (C) rs75087725, (C) rs113247976 dan (A) rs8141797, populasi pada Benua Afrika dan Asia Timur jauh lebih tinggi dibandingkan pada populasi Benua Amerika, Eropa dan Asia Selatan.